智能制造学院是我校工科特色明显的一个学院，学院前身起源于1978年的南京工学院淮阴专科班，所招第一届学生的专业为机械设计与制造，后成为学校前身淮阴食品工业学校最早开设的四个专业之一，名称为食品机械专业。1997年学校更名为江苏省食品学校后，专业设置领域拓宽，开设了电子电气、机电一体化等专业；1998年机械专业科又变更为机电工程科。2002年随着学校合并升格为高职院校，又更名为机电工程系，开设了机电一体化技术、电气自动化技术、应用电子技术专业。2017年又更名为机电工程学院，2018年增开制药设备应用技术专业。2023年4月更名为智能制造学院。现开设有机电一体化应用技术、制药设备应用技术、电气自动化技术、智能控制技术等专业，招生范围面向江苏及全国其它部分省市地区。
智能制造学院学院拥有一支高水平的专兼职教师团队，现有教师数26人，教工党员数17人，专任教师中硕士以上学历学位占90%，高级职称占比50%，专业老师全部具有双师素质，企业专家兼职教师库50人以上。
现有实验实训场所9600多平方米，仪器设备总价值2000万元，学院建有数控加工实训中心、工业机器人实训室、3D打印技术实训室、自动生产线安装与调试实训室等具有先进理念和现代化设备的校内实践场所，与40多家大中型企业建立校企合作关系，满足学生实习需要。
学院近年来教学、科研和社会服务工作都取得了显著的成绩，先后荣获江苏省教学能力大赛二等奖1项，三等奖2项、毕业论文（设计）省级评优一等奖2项、二等奖1项、三等奖6项、多次在省级“自动线安装与调试”、“电气控制系统安装与调试”等技能大赛中获得二等奖和三等奖。完成国家首批现代学徒制试点机电一体化技术专业试点工作，为制药企业培养技能型人才。承担省市级科研项目20项，为淮安市经济社会发展添砖加瓦、助力加油。机电工程学院紧扣全市发展大局，充分发挥学院在师资、硬件等方面的优势，积极对接企事业单位，拓展培训领域，创新培训形式，先后开展了机关事业单位工勤人员技能岗位技术等级培训、继续教育培训、企业培训，近几年培训人数1.2万人次，提高了学院的知名度，扩大了社会影响。
学院依托江苏智能制造产业优势，校企合作，产教融合，工学结合，创新“校企互融五对接”人才培养模式，打造智能制造和生产专业群，实施基于智能生产过程的课程体系，构建“项目载体，能力递进”实践教学体系与实训条件，打造“懂技术、会教学、擅应用、能创新”的专业教学团队，不断提高人才培养质量和社会服务能力，为“智能+”培养高素质技能型人才。近几年，学院各专业毕业生就业率99%以上，呈现供不应求的场面，工资收入高，毕业生活跃在亿滋食品、淮阴卷烟厂、上海大众等行业知名企业，得到用人单位好评。
